La ville de Chicago doit affronter deux terribles épreuves : une grippe particulièrement virulente ainsi qu'une fuite de gaz dans une usine. L'équipe de la Caserne 51 transporte les victimes aux Urgences et les médecins se retrouvent très vite débordés. Mais le pire se produit lorsque l'un des patients menace les personnes présentes en annonçant qu'il détient un virus mortel. Kelly tente de le neutraliser mais une bombe explose et blesse sérieusement le chef de la Squad 3