A travers les témoignages d'experts mais aussi de proches des victimes, «Indices» déroule le fil d'enquêtes criminelles afin de comprendre comment elles ont été résolues. En janvier 2011, Jessica Perrais quitte son domicile pour aller à l'école. Elle découvre alors le scooter de sa soeur jumelle, Laëtitia, dans un fossé, la jeune fille est introuvable.