Ce matin-là, les élèves se réveillent sans aucun adulte à la Pirate Academy. Ils ont disparu ! Personne n'en connait la raison, mais les Planctons veulent prouver que pendant leur absence, les enfants peuvent vivre ensemble comme un véritable équipage. Sauf que très vite, les élèves profitent de cette liberté qui leur est donnée pour faire tout ce qui leur était interdit... et mettent l'école en péril !